También llamado Pedro de Agurto, fue un agustino mejicano de la primera época en Filipinas. Era hijo de D. Sancho Pérez de Agurto, Secretario de Cámara de Real Acuerdo y hermano de otro religioso agustino y uno que fue canónigo de la catedral metropolitana. Tomó el hábito en el convento de Ciudad de Méjico a finales de septiembre de 1548 y se cambió el nombre por Pedro de Santiago, en honor al apóstol, recibiendo los votos de manos de Fr. Alonso de Veracruz.
Estudió en la universidad y obtuvo el título de maestro, siendo su profesor de Escritura el mismo Fr. Alonso de Veracruz, y a quien sustituyó en su cátedra cuando este viajó a España. Al establecerse el Tribunal de la Inquisición en Méjico fue honrado con el título de Calificador en 1571 y miembro del célebre colegio de San Pablo de Méjico. En su provincia religiosa fue elegido prior de varios conventos y nombrado definidor de la provincia religiosa. Asistió al tercer concilio mejicano en 1585 como consultor y fue uno de los mejores canonistas de su tiempo. Dominó la lengua mejicana y defendió a los naturales en las discusiones de su tiempo sobre la recepción de los sacramentos. Escribió un libro en defensa de los indios frente a quienes ponían dificultades de todo tipo para que pudieran recibir la Eucaristía y otros sacramentos, sobre todo por parte del clero secular.
En 1595 el Rey Felipe II le propuso como obispo de Cebú junto a otros tres candidatos para las nuevas diócesis filipinas. En agosto fue consagrado obispo en la iglesia de San Agustín de Méjico, zarpando para Filipinas en 1598 y viajando con los otros obispos de Nueva Cáceres y Nueva Segovia. Fue autorizado por los superiores para llevar tres religiosos a su servicio, destacando como colaborado y secretario cercano Fr. Martín de Zamudio. Ante la muerte del obispo de Manila tuvo que hacerse cargo de la misma y resolver los asuntos pendientes, y en esa ciudad le tocó presidir las honras fúnebres por el Rey Felipe II.
Para el gobierno de su diócesis cebuana tuvo que lidiar con el cabildo y resolver las disputas de competencias y los intereses personales de los canónigos. A los dos años de gobierno convocó un sínodo en el que se trató sobre la predicación a los naturales, y al que asistieron clérigos y religiosos. Tuvieron lugar las reuniones en la catedral, recogiendo sus conclusiones en las Constituciones Sinodales y revisando la aplicación de la Doctrina Cristiana y la publicación en seis lenguas nativas, tomando como modelo el Catecismo Tagalo que se tradujo a la lengua bisaya.
Visitó sus pueblos en las regiones en que trabajaban los jesuitas y estuvo acompañado de ellos que predicaban en esas tierras. También pasó a visitar las reducciones que tenían en la isla de Mindanao. Destacan las crónicas de los jesuitas la buena relación que tuvieron con el obispo y fruto de esa concordia fue la creación de una Escuela de Latinidad en Cebú, que tuvo la asistencia de numerosos alumnos. Su contacto con los agustinos fue correcto, con cierta predilección hacia los originarios de Méjico, estando a favor de la alternativa en la distribución de los cargos entre criollos y peninsulares.
Falleció en 1608 en Cebú y sus exequias se celebraron en la catedral. Era tal el aprecio y devoción de los fieles hacia su obispo que tuvieron que retirar el cadáver para no ser desvalijadas sus ropas y objetos personales, que querían llevarse como si fueran reliquias. Sus restos fueron enterrados en la iglesia del Santo Niño. En 1663 se depositaron en una urna que fue colocada detrás del retablo del altar mayor.
Fr. Ricardo Paniagua, OSA